居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法（统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库）。 因此，分支机构是否独立核算，不影响所得税汇总缴纳。
依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
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