电子专用发票不可以作废。
增值税电子专用发票（以下简称“电子专票”）的载体由税务机关监制的增值税纸质专用发票转变为符合税务机关规定格式的电子文件，一旦开具无法作废。如您发生开票有误的情形，可以按照《国家税务总局关于在新办纳税人中实行增值税专用发票电子化有关事项的公告》（2020年第22号）第七条的规定，先开具红字电子专票进行冲红，再按照正确的金额重新开具一张蓝字电子专票即可。
依据：
国家税务总局关于在新办纳税人中实行增值税专用发票电子化有关事项的公告
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